ストックオプション利益の申告漏れが多発

国税庁が調査を厳格化へ——中小企業にも注意が必要

記事要約

• 会計検査院が、ストックオプションの利益で約60億円分の申告漏れを指摘

• 国税庁は調査を厳格化、過去分の精査も実施へ

• スタートアップや中小企業も源泉徴収漏れ・申告漏れリスクに注意が必要

ニュース概要

（出典：日本経済新聞 2025年10月21日）

会計検査院の調査で、ストックオプションを行使して得た利益のうち、申告・課税漏れが多発していることが明らかになりました。

2021〜2022年の2年間で150人が計約60億円の利益を申告していなかったとされています。

税制優遇がある「適格型」では約19億円分、優遇がない「非適格型」では約41億円分が未申告の可能性。

国税庁は2025年8月、各税務署に対して調査の厳格化を通知し、今後は過去分も含めて追徴課税の可能性があるとしています。

スタートアップへの影響

1. 報酬制度として普及する一方で、税務リスクも

ストックオプションは、スタートアップや中小企業が優秀な人材を引き留めるための報酬制度として広がっています。

しかし、「税制適格型」か「非適格型」かによって課税の扱いが大きく異なり、処理を誤ると会社・個人の双方で追徴課税リスクがあります。

区分	課税のタイミング	税率	備考
税制適格型	株式売却時	約20％（譲渡所得）	一定条件で税優遇あり
税制非適格型	行使時	最大55％（給与所得）	源泉徴収が必要

よくあるミスとリスク

• 非適格型なのに源泉徴収していない　→ 会社側に「源泉徴収漏れ」指摘の可能性。

• 行使益を確定申告していない　→ 個人に追徴課税・加算税が発生。

• 株価下落を考慮せず課税　→ 行使時の評価額で課税されるため、株価が下がっても税は戻らない。

経営者・起業家が取るべき3つの対策

① 台帳と情報の整備

行使日・株価・行使価額などを記録し、税務署提出書類と照合する。社員ごとの記録がないと、税務調査で説明できません。

② 税区分の確認

「適格」「非適格」の判断条件（役職・付与日・譲渡制限など）を再チェック。条件を誤ると想定外の税負担になることがあります。

③ 早めの専門家相談

国税庁はリストを使って無申告者を特定しています。行使益がある場合は、顧問税理士や専門家に早めに相談し、修正申告も検討を。

今後の見通し

• 国税庁は「過去分も含めて精査」する方針を明示。

• ストックオプション制度の利用拡大に伴い、監視体制が強化される見通し。

• 上場・M&Aなど「株価変動が大きい局面」では、税務調査のリスクが高まる。

まとめ

ストックオプションは、経営者・社員双方にとって大きなメリットがある制度です。

しかし、税務処理を誤ると追徴課税や信頼低下につながる可能性があります。

これを機に、自社の報酬制度・申告体制をもう一度点検してみましょう。